Die Standardeinstellung ist immer eine Syncronisation aller Ordner. Diese Einstellung umfasst auch externe Speicher.
In den Voreinstellungen für den NextCloud Client können Sie die Ordner auswählen die gesynct werden sollen.
Mehr zu externen Speichern in der NextCloud finden Sie hier:
Lassen sich externe Speicher in die Collaboration Cloud einbinden ?